新疆地处祖国西北边陲，位于亚欧大陆腹地，区内降水稀少，气候干燥，蒸发强烈，是典型的内陆干旱地区，水资源时空分布极不平衡。一般来说，西部和北部多，东部和南部少；山区多，平原少；汛期多，旱季少。根据自然地理特征，将新疆划分为南、北、东疆三个区域（图1）。
新疆水资源总量为835亿立方米。区内地表水资源量为789亿立方米，地下水天然补给量46亿立方米，多年平均河川年径流量总量为879亿立方米，其中境外来水量约90亿立方米（水资源分布及其开发利用情况详见表1）。全疆山区面积约66万平方千米，约占全疆总面积的40%，而山区年均总降水量为2048亿立方米，占全疆年均总降水量2429亿立方米的84.3%。
新疆人均水资源量约为4223立方米，远高于全国人均水资源量2400立方米，在全国31个省区直辖市中排名第三位。但由于新疆面积辽阔，单位面积水资源量仅为5万立方米，为全国平均水平的1/6，位列全国倒数第三位，因此，新疆水资源合理开发和利用显得尤为重要。
新疆的地表水资源主要由河流、湖泊和冰川3部分组成。河流都是直接或间接发源于山区，主要接受补山区大气降水和冰雪融水补给。其中较大的有塔里木河（中国最大的内陆河）、伊犁河、额尔齐斯河、玛纳斯河、乌伦古河、开都河等20多条。具有“夏洪、冬枯、春旱、秋缺”的特征。同时，新疆有许多自然景观优美的湖泊，总面积达9700平方千米，其中大于1平方千米的天然湖泊139个，其中著名的十大湖泊是：博斯腾湖、艾比湖、布伦托海、阿雅格库里湖、赛里木湖、阿其格库勒湖、鲸鱼湖、吉力湖、阿克萨依湖、艾西曼湖。全疆有大中型水库498座，总库容量84亿立方米。最后还有分布于天山、昆仑山、阿尔泰山和帕米尔高原的冰川，总面积为2.58万平方千米，占全国冰川总面积的46.2%，冰雪储量2.58亿立方米，占全国冰川储量的49.5%，是天然的“固体水库”。
山区降水是新疆地表水、地下水的同一水源，地表水出山口后通过河道、水库等不同途径入渗转化为地下水。受气候影响，降水较多的北部及西部径流和地下水均丰富，而干燥的东部及南部地下水贫乏。山前至盆地的第四系构造深厚，是储水能力强的“地下水库”，具有以丰补欠的调节功能。在水资源循环途经过程中，地表水和地下水频繁多次转化，因此新疆地表水和地下水是不可分割的统一体。
新疆水资源总量相对比较稳定，年际变幅较小，但随着人口增加和经济发展，各地用水量逐年增加，“资源型、水质型和工程型”缺水问题日益严重。水资源在开发利用过程中，主要存在以下五个方面的问题：一是有效利用程度低，水资源浪费严重；二是总量上供需失衡，时空上供需矛盾尖锐；三是水资源污染严重，污水处理能力弱；四是农业用水占比大，严重挤占生态用水；五是地下水资源普遍超采，局部地区出现地下水漏斗区。因此，“调整用水结构、建设节水社会、管理水资源红线”，同时“加强水权体系建设，尤其要落实以水定地，增加水资源的利用率”，不仅有利于推进新疆“绿洲区防沙治沙、水资源高效利用和环境保护”和构建“三屏、两环、四廊道”的生态安全格局，同时也是建设社会主义生态文明的最基本保障。
