农业源污染尤其是畜禽养殖业污染已经成为造成水体污染的重要来源。据2010年《第一次全国污染源普查公报》，农业污染源化学需氧量、总氮排放量分别占全国排放总量的44%和57%，农业源污染物排放主要来自于畜禽养殖业，其化学需氧量、总氮排放量分别占农业源污染物排放总量的96%和56%。
目前，畜禽养殖污染物排放量采用产生量减去削减量进行核算，而削减量利用去除率来计算，全国在去除率认定上采用同一原则。而畜禽养殖污染与各地降水量、水网密度、土地消纳面积等自然环境因素，以及畜禽养殖总量密切相关，不同地域之间存在巨大差别。西北地区在这些方面更是存在特殊性，尤其是在采用“干清粪—自然堆肥还田”这一鼓励模式的污染物去除率认定上，不能全国“一刀切”，而是要认真分析地域间存在的差异和畜禽养殖的特殊性，因地制宜，制定符合地域实际情况的标准。
