陈竺介绍说，农村改水工作开展20多年来，农村改水受益率由1985年的49.8％上升到2006年的95％。
但他同时指出：“改水工作任务仍然较重，全国还有3亿多农民没有用上安全卫生水，农村饮水卫生合格率较低，存在不少安全隐患。”
此外，目前中国仍有近70％的农户尚未使用无害化卫生厕所，导致农村肠道传染病和媒介性疾病时有发生与流行。
中央补助地方农村改厕项目的实施，提高了各地开展农村改厕的积极性。据统计，到2006年底全国已建成各类农村卫生厕所1.4亿个，普及率约为55％，其中无害化卫生厕所普及率约为32％。2006年，中央补助血吸虫防治省份2.5亿元用于修建100万个无害化卫生厕所，覆盖了全部血防重疫区村。
陈竺说，各地要加快农村无害化卫生厕所的建设和改造，加强粪便无害化管理，力争到2010年，全国农村卫生厕所普及率达到65％，无害化卫生厕所普及率达到35％以上。
