在水资源合作方面，深惠两地打破市域资源壁垒，实现了互补共享。惠州支持从白盆珠水库引水至深汕特别合作区，新建输水管线，年引水量可达1.64亿立方米，以保障其发展需求。作为交换，深圳挖潜其东江水源工程供水能力，向惠阳鸡心石水库补水。根据2024年两市签署的备忘录，深圳每年将向惠州返还不超过1.64亿立方米的优质水源。目前，鸡心石分水口扩建工程正抢抓工期，预计今年底建成通水，届时日供水能力将提升至50万立方米，惠阳供水格局将实现从“饮用西枝江水”到“引入东江优质水”的重要跨越。
在跨界河流治理方面，发源于深圳的淡水河因上下游治理不同步，惠阳段防洪标准不足20年一遇，成为汛期风险点。对此，惠阳区编制系统治理方案，计划总投资74.68亿元，按“以泄为主，泄分结合”的思路，将惠阳段防洪标准提升至50年一遇。作为“先手棋”，总投资4.8亿元的防洪排涝项目先行段已于2022年底动工，2025年全面完工。该工程有效拓宽了关键卡口河段，监测显示淡水河白石水文站、淡水水文站常水位较整治前分别下降了1米和0.5米。这不仅减轻了沿河低洼区域的防洪排涝压力，还有效消除了上游深圳汛期洪水倒灌的隐患。
