指引明确，消毒前必须先清走垃圾、淤泥和动物尸体，打开门窗彻底打扫并晾干，再对重点部位消毒。室外道路、广场和外墙一般无需喷洒消毒水，清水冲洗干净即可。
在饮水安全方面，指引提出分类处置要求。使用水井的家庭，需抽干井水、铲除淤泥并冲洗井壁，随后按水量投放漂白粉浸泡12至24小时再抽干，待重新渗满水后投药消毒，直至闻到淡淡氯味方可饮用。也可采用钻孔装漂白粉的小瓶子吊在井水中的简易方法，可持续消毒约一周。使用水缸或水桶存水的家庭，若水体浑浊应先加明矾或净水片沉淀，再用漂粉精片消毒，通常1片可处理25至30升水，碾碎溶化后搅匀静置30分钟才能饮用。自来水用户在停水恢复供水时，应先放水3至5分钟至清澈再使用。指引强调，只喝开水或瓶装水，绝不生喝来源不明的水。
针对居家消毒，指引推荐使用84消毒液等含氯消毒剂，并公布了以常见5%浓度84消毒液为例的配比表。操作时须佩戴口罩和手套，避免药水溅入眼睛，严禁将84消毒液与洁厕灵混用，以免产生致命毒气。消毒剂应现配现用，消毒后需开窗通风。
个人卫生方面，指引要求接触洪水后、饭前便后用肥皂和流动水洗手至少20秒；被水泡过的食品应全部丢弃；垃圾和积水容器内的脏水需日产日清；发现动物尸体应立即报告村委会或社区，由专业人员处理，切勿自行处置。
指引还提醒，一旦出现腹泻、发烧、呕吐、皮肤溃烂流脓等症状，应尽快就医并告知医生家中被水淹过的情况。
