为了管好用好水务发展专项资金，深圳市水务局采取了一系列切实可行的措施：
一是完善顶层设计，构建 “1+1+1+N”制度体系。市水务局在会同市财政委联合印发《深圳市水务发展专项资金管理办法》（第一个“1”）的基础上，先后将实施细则（第二个“1”）、编制标准（第三个“1”）及设计变更备案指引、竣工验收指引、款项支付指引、绩效评价管理办法等配套制度（“N”）进行了修订和完善，实现了专项资金管理的规范化、精细化、标准化。
二是实行项目库管理，提升年初预算到位率。市水务局通过公开招标委托第三方机构承担项目专业技术审查工作，依次需经过申报材料符合性审查、工程现场复核、技术文件初审、专家评审、概算审核等五个环节后，方可纳入项目库管理。按照轻重缓急的原则，深圳市水务局对已纳入项目库管理的项目进行遴选，经局长办公会议审议、社会公示后方可纳入下一年度预算安排，实现专项资金项目“集体决策、公开透明、科学管理”。截至目前，2019年度水务专项资金预算细化率已达到90%以上。
三是强化能力建设类项目管理，严把能力建设类项目立项审查关。市水务局严控能力建设类项目年度资金规模，每年用于水务能力建设类项目的资金严控在5%以下，并通过制订能力类项目预算编制审查指引，引导申报单位加强内控管理。
四是强化过程监管，加大预算执行力度。严格对勘察设计单位及专项资金第三方日常管理单位、质量抽检单位、造价审计单位进行工作考核和质量管理；继续推行勘察设计成果“打分制”、工程质量“飞检制”以及工程结算审计“现场复核制”，实现前期工作质量、工程质量、结算审计质量“三提升”；规范项目变更审批和备案流程，强化事前变更备案管理，继续稳固专项资金项目“零超概”；优化水务专项资金政府绩效考评指标，将资金使用效率纳入各区政府绩效考核，推动项目按时开工、及时支付，提升预算执行率。
五是推行全过程绩效管理，建立三级绩效评价机制。按照项目单位自评、市水务局绩效评价、市财政委对重点项目再评价的总体要求，开展项目绩效目标实现程度和预算执行进度“双监控”工作，分期、分批对已完工专项资金项目进行绩效评价，确保实现项目绩效目标。
六是加快智慧提升，完善专项资金项目管理服务平台。完成水务专项资金管理系统升级改造，实现对专项资金项目随时随地全过程信息化管理，做到从“政策发布、项目申报、评审入库、计划下达、资金拨付、监督检查、变更备案、项目验收、结算审计、绩效评价、档案管理”等工作全过程留痕，各环节可追溯、可查询，实现专项资金管理的信息化、科学化与高效化。
