近年来内蒙古资源依托型工业快速发展，同时带动城镇化建设取得明显成效，但相应对环境造成的污染加剧。长期以来污水处理尚未形成建设、运行、收费、监管互相配套的有效体系。城市污水处理厂“建不起，运行难”，全区工业园区数量众多，但只有一个建成污水处理系统。大中型企业大多数未建污水处理设施，给城镇公共污水处理厂的正常运行造成很大隐患。
内蒙古自治区政府根据自身实际情况，提出落实重点项目、细化明确责任、统筹共建发展、建立长效体系的方针：重点落实城镇、工业园区、大中型企业的污水处理设施建设；坚持“厂网同步”的原则，将排水管网建设与城市发展统筹考虑，同步实施，努力提高污水收集率；严格实施城市排水监管制度。对不能达标的企业，将依法责令限期治理、停产整顿直至关闭；加强排污费的征收，对供水企业不按标准足额收取和上交污水处理费或自备水源单位未上交污水处理费的，要从严征收排污费。
同时，自治区按照政事分开、政企分开的原则，加快污水处理运营体制改革，鼓励国具有北外先进技术和管理经验的投资者、企业用水大户和利用中水生产的企业参股城镇污水处理设施的建设和运营。同时，对污水处理不达标或骗取污水处理费的要从严惩处。
