根据国家环保局、卫生部、建设部、水利部颁发的《饮用水源保护区污染防治管理规定》的要求，忠县采取了水源保护措施，划定了水源保护区。设置了取水水源保护标志和界碑，组织人员定期巡查取水源，同时由县疾控中心和县自来水公司两级定期对水源进行监测，有效地保护了水源。水质净化处理严格按制定的标准投加净化剂和消毒剂，适时控制沉淀水浊度、滤池出口水浊度、出厂水浊度、压力、出水量、pH值及余氯。净化工艺有明显的质控点、质控标准。目前，该县自来水已完全达到生活饮用水标准。
1999年，县自来水公司建立了水质化验室，结束了苏家白公祠两厂一直不能进行常规化验的历史。该化验室能自检浊度、PH值、余氯、细菌总数、大肠菌群、色度、肉眼可见物等7项指标，其余13项委托县疾控中心对其进行检测。化验人员坚持对水质每天进行化验，出厂制水人员每两小时检测一次出厂水余氯，化验室每周对两水厂水源水、出厂水、管网水、管网末梢水的细菌总数、总大肠菌群等内容检测，同时接受县疾控中心的日常检测和平时抽查及每月的水质卫生检查。
2003年以前，忠县使用漂白粉和液氯对自来水进行消毒，但消毒效果不稳定，液氯运输存在安全隐患。之后，忠县开始使用二氧化氯进行消毒。为提高水质，忠县先后多次对两座水厂的反应池、清水池、高位水池、虹吸滤池进行技改。随着城区人口增长，县自来水公司又投资300余万元，对白公祠水厂抽水设备、苏家水厂囤船的水泵和电机等设备进行了更换，并修建红星加压泵站和红星中高位水池。同时，对部分旧城管网进行改造，及时消除二次污染，确保了出厂水水质综合合格率达99%以上，管网末梢水达98%以上。
另外，县自来水公司每年对在职在岗人员根据不同的工作岗位进行培训学习、送培及交流学习，提高员工生产技能素质，并对制水人员进行严格体检，保障水质安全。同时，开展了供水管网普查，建立了供水管网信息系统，在水厂设置了4个水质监控点，在忠州城区设置了8个水压监控点，在水厂安装了数据传输系统，对供水生产和管网运行实行了部分监控，使忠县供水生产和管网建设改造逐步迈入了科学化、规范化管理轨道。
