污水处理费的收费对象仍需进一步明确，以纠正目前为数不少的重复收费现象。
按照现行《水污染防治法》第十九条的规定，污水处理费的性质应该属于服务性收费，收费的前提是排污单位已经被污水处理设施处理范围所覆盖，而处理设施(包括管网)未覆盖的，不应该征收污水处理费。但是，目前在征收污水处理费问题上，许多地方是按照1999年出台的《关于加大污水处理的征收力度建立城市污水排放和集中处理良性运行机制的通知》来执行的，其规定“污水处理费由城市供水企业在收取水费中一并征收”。这个“一并征收”并没有错，但在许多地方被执行为对所有城镇自来水用户都要征收，而其排放的污水是否进入污水处理设施则在所不问，这一做法是值得商榷的。
此外，对环保部门而言，无论排污者是否缴纳污水处理费，只要其向环境直接排污，就应该征收排污费。对缴纳了污水处理费的直接向环境排污者而言，则造成了显然的不公平:同样缴纳了污水处理费的两个排污单位，一个单位已经向城市污水处理管网排污，不必缴纳排污费；而另一家单位由于没有纳入管网，就要既承担污水处理费，又承担排污费。而排污者纳入管网与否很大程度上取决于市政设施的建设进度，环保部门为此常受到重复收费的误解和指责。
因此，本次修法不应该重复原先的规定，理应做出强调性规定:“排污者排放污水未经城市排水设施直接排入水体的，不缴纳污水处理费，按照国家规定缴纳排污费。”《吉林省城市污水处理费管理办法》就有类似规定。
城市污水处理费收费标准低而且不统一
修订草案规定，“城市污水集中处理设施的污水处理收费、管理以及使用的具体办法由国务院规定。”所谓具体办法由国务院规定，应该理解为出台配套的收费标准。而到目前为止，国务院并未出台过国家层面的具体办法，而且实践中也一直允许地方各自制订收费标准.。
国务院办公厅《关于推进水价改革促进节约用水保护水资源的通知》(国办发〔2004〕36号)指出，“各地区要限期开征污水处理费。已开征污水处理费的城市，在调整供水价格时，要优先将污水处理收费标准调整到保本微利水平。暂时达不到保本微利水平的，各省、自治区、直辖市人民政府应结合本地区污水处理设施运行成本，制定城市污水处理费最低收费标准，确保污水处理设施正常运行。”目前各地对城市污水处理收费几乎全部都是自定标准，有的还将自定标准的做法纳入地方性法规。造成这一现象的原因并非国家不想规范，而是各地情况千差万别，难以统一。而且征费标准普遍偏低的问题，在目前污水处理设施投资、运营机制正在改革的情况下，进行统一规定其实很难实现。既如此，本次修法应顺应实际，不再强求一律，可以授权国务院或者国务院相关部门出台有浮动的指导价，允许地方根据财力、运营单位处理技术等实际情况制订不同的收费标准。
相关联的还有纳入管网的企业超标排放污染物的收费问题。对已建成城镇污水处理厂的排放污水企业已缴纳了城市污水处理费用后仍超标准排放污染物的，是否征收超标排污费，本次修法(包括配套细则修改)对此应该有个说法。
